Powrót do Chin

30 marca 1656
Boym i Zheng wyruszają w podróż powrotną do Chin. Obfituje ona w niebezpieczeństwa - czterech z ośmiu towarzyszy podróży umiera na statku od chorób i z wycieńczenia.

6 listopada 1656
Boym i Zheng docierają do portugalskiego portu Goa na środkowo-zachodnim wybrzeżu Indii. Tu Boym otrzymuje informację o katastrofalnej sytuacji cesarza Yongli, którego wojska panują już tylko nad skromną częścią południowo-zachodnich ziem cesarstwa. Otrzymuje list prowincjała z Makau informujący go, że ze względu na nawiązane przez Portugalczyków stosunki handlowe z Mandżurami jego powrót do Makau jest wysoce niepożądany.
Boym i Zheng nie poddają się jednak i przedzierają się pieszo przez Indie, podążając nieznanym szlakiem, a dotarłszy na wschodnie wybrzeże Indii, wsiadają na muzułmański statek płynący do Królestwa Syjamu (dziś Tajlandia).

Początek 1658
Boym i Zheng docierają do Ajutthai, stolicy Królestwa Syjamu. Tu dociera do nich kolejne pismo – tym razem od senatu Makau – z prośbą o nie przyjeżdżanie do tego miasta, gdzie są osobami non-grata.  Swoją podróż przez Półwysep Malajski, w tym swoje spotkania z tygrysami, słoniami i nosorożcami, Boym opisuje w liście wysłanym do Rzymu.

Maj 1658
Towarzysze dowiadują się, że dwór Mingów przebywa w prowincji Guangxi, graniczącej z Tonkinem (obecnie północny Wietnam), Boym postanawia tam dotrzeć i okrętuje na chiński statek piracki. Polski jezuita, choć sam gotów na najwyższe poświęcenia, ma świadomość, że jego misja stanowi coraz większe zagrożenie nie tylko dla niego samego, lecz także dla całej wspólnoty zakonnej oraz dla interesów Korony Portugalii, sprawującej w Chinach patronat nad Towarzystwem Jezusowym, jednak lojalność i honor nie pozwalają mu się wycofać.

10 sierpnia 1658
Po dwóch miesiącach dramatycznej podróży na maleńkim statku wokół Półwyspu Indochińskiego Boym wraz z wiernym Zhengiem docierają do Tonkinu. Tu Boym wysyła swój ostatni list do Europy, adresowany do Wielkiego Księcia Toskanii, swego protektora w czasach oczekiwania na papieską audiencję.
W tym datowanym na 20 listopada 1658 roku liście Boym z optymizmem opowiada o ostatnich sukcesach wojsk mingowskich i zdaje się ufać w przyszły ostateczny triumf dynastii, której służył. Z tego powodu mimo nalegań ojca Onofria Borgesa, przełożonego misji jezuickiej w Tonkinie, by zaniechał dalszej podróży, Michał Boym wraz z Andreasem Zhengiem opuszczają pieszo Tonkin.

16 lutego 1659
Za zgodą miejscowych władz wędrowcy przekraczają granicę z Chinami. W trakcie podróży, na wieść o przejściu kolejnych obszarów pod władzę mandżurską, co odcina ich od dworu cesarza Yongli, polski misjonarz zdecyduje się powrócić do Tonkinu, by stamtąd następnie, przez Birmę, próbować osiągnąć upragniony cel wieloletniej podróży. Do zmartwień dołączają wiadomości o śmierci kanclerza Panga i ojca Kofflera, a następnie zakaz powrotu do Tonkinu, na jaki Boym natyka się na granicy.
    
22 czerwca 1659
Michał Boym umiera z wycieńczenia i zostaje  pochowany przez jedynego świadka jego śmierci i wiernego towarzysza, Andreasa Zhenga gdzieś w pobliżu królewskiej drogi, prowadzącej z Hanoi do Nanningu, stolicy prowincji Guangxi. Na szczycie grobu ustawiony zostaje krzyż z wyrytym chińskim napisem. Miejsce pochówku do dziś pozostaje nieznane.