I podróż do Chin

1641
Boym śle listy błagalne Indipetae do Generała Jezuitów Mutio Vitelleschiego z prośbą o zgodę na wyjazd do Azji. W tych wysiłkach wspiera go Marcin Hińcza, prowincjał jezuitów w Polsce w latach 1633 – 1636, rektor Krakowskiej Akademii Towarzystwa Jezusowego.

27 listopada 1641
Michał otrzymuje zgodę na wyjazd do Chin od Generała Jezuitów, wysyła list dziękczynny.

30 marzec 1643
otrzymuje błogosławieństwo z rąk papieża Urbana VIII i wypływa wraz z dziesięcioma innymi księżmi i kilkoma klerykami z Lizbony do Makau.

Opływając kontynent afrykański wzdłuż wybrzeży zachodnich, statek zawija m.in. na Maderę, Wyspy Zielonego Przylądka, Przylądek Dobrej Nadziei. Po stronie wschodniej Afryki, statek dociera do Mozambiku, który od 1609 roku (aż do 1975 r.) pozostawał kolonią portugalską. Tu Boym pozostaje przez zimę i miał okazję m.in. uczestniczyć  w polowaniu na hipopotamy (nazwane przez niego "końmi morskimi").Swoje obserwacje na temat panujących w ówczesnym Mozambiku zwyczajów tubylców oraz opisy przyrodnicze zawiera w  eseju pt. "Cafraria" (od Kafrów - nazwy, którą Arabowie określali ludy zamieszkujące Bantu), który wysyła do przyjaciela, ks. Ciślaka.

Na wiosnę kontynuuje podróż przez Maldiwy do Indii, gdzie ostatecznie statek zawija w porcie Goa na środkowo-zachodnim wybrzeżu kraju w  mieście nazywanym "Rzymem Wschodu" i kolonią portugalska od 1510 r.

Koniec 1644
dopływa do Makau i jest skierowany do Kolegium Św. Pawła, gdzie przez dwa lata prowadzi wykłady, a jednocześnie uczy się języka chińskiego.

Styczeń 1647
skierowany na wyspę Hajnan do Tingan, gdzie zaczyna prowadzić- badania nad florą i fauną oraz nad medycyną chińską. Tam rozpoczyna prace nad swoim atlasem Chin – "Magni Cathay", sposobi się do przygotowania dzieła o diagnozowaniu z pulsu – "Clavis Medica ad Chinarum Doctrinam de Pulsibus" , a także zbiera większość materiałów do swej pracy pt. "Flora Sinensis".

1 listopad 1647
Michał Boym wraz z braćmi z zakonu są zmuszeni do błyskawicznej ucieczki z wyspy po zajęciu jej przez Mandżurów. Zakonnicy potajemnie opuszczają wyspę w małej łódce.

24 grudnia 1647
Michał Boym wraz z towarzyszami docierają do Tonkinu - państwa leżącego na terenie dzisiejszego północnego Wietnamu

1648
Boym pozostaje w posłudze misyjnej w Tonkinie. W międzyczasie podróżuje do Chang’an w Siganfu (obecnie miasto Xi’an w Shaanxi) - dawnej stolicy Chin, gdzie sporządza kopię słynnego napisu "Kamienia z Siganfu" widniejącegp na steli (obecnie w muzeum Beilin w Xi’an).

Obszar Chin był wówczas terenem nieustających walk pomiędzy miejscową dynastią. Ming, przychylną jezuitom, a przybyłą z północy mandżurską dynastią Qing. Podczas gdy Michał Boym przebywał w prowincji Shaanxi, wojska wierne Mingom poniosły wiele porażek i żeby powrócić do Tonkinu, polski misjonarz musiał wybrać inną drogę – przez prowincje Sichuan i Yunnan.

Koniec 1649
Powraca z Tonkinu do Makau, gdzie składa uroczystą profesję zakonną. O. Alvar de Semedo (1585–1658), zastępca prowincjała w Chinach, wysyła go na dwór cesarza Yongli, ostatniego cesarza z dynastii tzw. Południowego Ming, by tam pomagał w posłudze swemu współbratu o. Andreasowi Kofflerowi (1603–1651), któremu w międzyczasie udało się nawrócić na katolicyzm rodzinę cesarską, w tym następcę tronu, który przybiera imię Konstantego, jego matkę naturalną, matkę oficjalną czyli cesarzową oraz matkę cesarza, a także ważnych urzędników państwowych.